ภาพรวม
ดินแดนของประเทศญี่ปุ่นนั้นประกอบไปด้วย 4 เกาะใหญ่ คือ ฮอกไกโด ฮอนชู ชิโกกุ กิวชิว และเกาะเล็กๆ อีกเป็นจำนวนมาก
ที่ตั้ง
ประเทศญี่ปุ่นตั้งอยู่ด้านทิศตะวันออกของทวีปยูเรเซีย ในบริเวณที่เรียกว่า เอเชียตะวันออกเฉียงเหนือ หรือ เอเชียตะวันออก ล้อมรอบไปด้วยมหาสมุทรแปซิฟิก ทะเลโอค็อตสก์ ทะเลญี่ปุ่น และทะเลจีนตะวันออก ปลายสุดทางตะวันออกของประเทศญี่ปุ่น คือ เกาะมินะมิ โทริชิมะ (153°59'11" องศาตะวันออก) ปลายสุดทางตะวันตกของประเทศญี่ปุ่น คือ เกาะโยนะกุนิจิมะ (122°59'01" องศาตะวันออก) ใต้สุดของประเทศญี่ปุ่น คือ เกาะโอะคิโนะโทะริชิมะ (20°25'31" องศาเหนือ) เหนือสุดของประเทศญี่ปุ่น คือ เกาะเอะโทะโระฟุ (45°33'26" องศาเหนือ)
ขนาด
ประเทศญี่ปุ่นมีพื้นที่โดยรวม ประมาณ 378,000 ตารางกิโลเมตร โดยเกาะที่ใหญ่ที่สุด คือ เกาะฮอนชู ซึ่งมีพื้นที่ประมาณ 228,000 ตารางกิโลเมตร เป็นเกาะที่มีขนาดใหญ่เป็นอันดับที่ 7 ของโลก
สภาพแวดล้อม
พื้นที่ของประเทศญี่ปุ่นมีลักษณะเป็นภูเขา พื้นที่ 2 ใน 3 ของประเทศถูกปกคลุมไปด้วยป่า พื้นที่ส่วนใหญ่มีสภาพภูมิอากาศแบบอบอุ่น แบ่งออกเป็น 4 ฤดูกาล อย่างชัดเจน ในขณะที่ โอกินาวา ซึ่งอยู่ทางใต้ของประเทศ มีภูมิอากาศแบบกึ่งเขตร้อน และฮอกไกโด ซึ่งอยู่ทางเหนือของประเทศ มีภูมิอากาศแบบกึ่งขั้วโลก จึงทำให้ประเทศญี่ปุ่นมีความหลากหลายทางด้านชีวภาพ ทั้งพืชและสัตว์ นอกจากนี้ ยังมีพื้นที่ซึ่งอุดมไปด้วยระบบนิเวศน์ที่สำคัญอยู่เป็นจำนวนมากกระจายอยู่ในแต่ละพื้นที่ทั่วประเทศ โดยมีพื้นที่ 4 แห่ง ได้แก่ คาบสมุทรชิเรโตโกะ เทือกเขาชิราคามิซันจิ หมู่เกาะโอกะซาวาระ และเกาะยากุชิมะ ได้รับการขึ้นทะเบียนจากUNESCO ให้เป็นมรดกโลก
เทือกเขาชิราคามิซันจิ (ภาพ: กระทรวงเกษตร ป่าไม้และประมง)
หมู่เกาะโอกะซาวาระ (ภาพ: กระทรวงเกษตร ป่าไม้และประมง)